故事描写００９３年夏亚动乱的故事。一年战争时代的主角为于一年后再度相会大战，因彼此观点不同而产生对立。在此剧集中，无法说谁对谁错，只不过因时间与观念的误差而导致悲剧的发生而已。随着阿克西斯战争的结束，阿姆罗与夏亚的１５年的争斗也终于划上了句号，高达系列的第一个时期亦在这时结束了。 本剧集可说是大批NEW TYPE和优秀机师的墓园：克历丝、邱尼、阿湘、丽莎等等，而且最后难以释怀的悲剧特别多：身为联邦军参谋次官的座舰被自己的女儿克丽丝击毁；克丽丝的机动堡垒"α索瓦龙"被阿湘直接命中座仓；而阿湘又被失去理智的哈萨维射中爆炸…… 最后，小行星阿克西斯即将坠入地球，阿姆罗驾驶着υ高达力阻行星，在其带动下，无数联邦军甚至吉翁军的驾驶员都用自己的座机来顶下落的阿克西斯，但还是无济于事。最后关头所以逝去的和活着的NEW TYPE以及所以善良的人们的精神力化作了巨大的能量场，像一道光环般的围绕着地球，将阿克西斯缓缓推离了地球的轨道，向宇宙深处飘去……
时代背景
　　第一次新吉恩战争（哈曼战争）结束后，0089下半年间，联邦对殖民卫星加强了经济等方面的制裁，但此措施的实行，亦只是令宇宙住民对立情绪上涨而已，各路反联邦势力纷纷崛起。 　　0090年2月，联邦为收容难民建起宇宙居住区“SWEETWALLTER”。但此时在无人知晓的情况下，一度销声匿迹，于哈曼死后掌握新吉恩指挥权的夏亚·亚兹纳布尔已秘密潜入，藏身其中。 　　3月，联邦军为维持军事上的威慑力，建立外围独立精锐部队郎德·贝尔，由布莱德·诺亚大校提任司令官，队中更有以著名的王牌机师阿姆罗·利大尉为首的众多优秀战士作为成员。 　　0092年12月，由夏亚·亚兹纳布尔在接受电视采访时发表向联邦的宣战布告。第二次新吉恩战争（亦称阿克西斯战争或夏亚之乱）爆发。 　　然而，正当阿姆罗等人与新吉恩军殊死战斗时，一些联邦上层人物却盲目相信和平的可能性，加上收受贿赂，而准备前往SIDE6，与新吉恩方面进行秘密接触。

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