立志成为第一流的神奇宝贝大师，小智他们依然继续踏上旅程。这天，当小智与训练家的战斗结束之后，他们收到一封由快龙送来的神秘招待券。招待券里面写着：『你们是最被看好、最有前途的神奇宝贝训练家，我以最强的神奇宝贝训练家的身份，邀请你们来参加我的宴会。』「最强的神奇宝贝训练家？」好奇的小智他们毫不考虑地朝向新岛的神奇宝贝城出发！当一行人到达港口时，却因为天候不佳，前往新岛的船只暂停行驶。港口管理员波佳为了不让神奇宝贝和他们遭到任何的意外，坚决不让众人出航，女警君莎也赞同波佳的看法。
「没问题！我们有神奇宝贝！」出声的是一位名叫海男的男孩，他打算搭乘神奇宝贝渡海，而另外两位训练家空男和小甜也附和海男的作法，搭乘神奇宝贝渡海。正当小智烦恼无法前往新岛之际，港口出现了一艘小船，船上维京人打扮的船家答应在小智他们渡海。正当众人在海中央之时，突然一个大浪打来，让操纵小船的船家露出了真面目。什么？竟然是火箭队那三个捣蛋鬼！！正当火箭队要说出那套可爱又迷人的台词之时，小船竟然被大浪打翻了！小智和小霞赶紧叫出杰尼龟和宝石海星让众人紧捉，才不至于被大浪卷走。至于火箭队嘛……就和从前一样，「好讨厌的感觉啊～」
在到达新岛之后，一名长的很像神奇宝贝中心护士乔伊的女子带领小智一行人前往神奇宝贝城。海男、空男和小甜果然已经到了。当领路的女子介绍最强的神奇宝贝训家出场时，没想到出现在众人面前的竟然是……超梦？
到底谁是最强的神奇宝贝训练家？最强的神奇宝贝又是谁呢？

应该说，《超梦－我就在这里》是《超梦的反击战》的续篇。还记得那些被复制的小精灵吗？超梦带着他们离开了？去那里了？将在此片中得到答案。作为复制版的宠物小精灵，他们有着自身的悲哀，他们一直在为自己是否是真的生命体而苦恼。就这样一直隐居下去......
　　令一方面，火箭队的头目仍没有放送对超梦的搜索，他们找到了超梦的藏身地。不可避免的战争又开始了。为了拷贝版的精灵，超梦做了最大的牺牲......这时，又是我们的英雄小智，挽救了大局（尽管看上去什么也没做），击败了火箭队......
　　看过本片，能使你对自己的人生也好好想想......活着为了什么......

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