西元１９９Ｘ年，世界受到核子武器的洗礼，山崩地裂，海水枯竭，人类的文明大都毁於一旦。不过，人类并没有因此而灭亡，少数人仍然残存了下来，活在这个沦为暴力统治的世界里……
在烈日照耀下的荒漠中，一名男子拖着疲惫的步伐前进，当他走到一个村庄的时候，由於缺水及疲惫而倒了下去，被村人给关进牢房中。在牢中结识了原为小偷，现在也被关在同一间牢房的男孩－巴托，以及看守的小女孩－琳儿。在村中长老的屋中，村人为了确定他到底是不是暴力组织“Ｚ”的成员，脱下了他的上衣检查是否有刺青，但是当长老一见到他胸前呈北斗七星形状的伤痕时，大吃一惊地认为这是不祥的预兆，而将他继续关在牢中。没多久，Ｚ党来袭击这个村子，村中的自卫队被残杀殆尽，琳儿更是被对方的首领抓为人质，以逼迫村民就范。危急之际，破牢而出的健四郎施展北斗神拳摆平了Ｚ党的老大，平安地救出了琳儿，保住了这个村子。之后，健四郎离开了村子，继续他的旅程，巴托因为崇拜健而跟着他走，长老则安慰流泪送别的琳儿：「北斗出现的地方必有乱事，他是为了琳儿而离开的，因为这里是琳儿的村子啊……」
旅途中健四郎收拾了暴力组织「Ｋｉｎｇ」中的黑桃和方块，在Ｋｉｎｇ的本部南十字星城中，健四郎解决了嗜杀的梅花，更在Ｋｉｎｇ的首领－南斗圣拳的希恩面前用绝招痛宰如肥猪一般的红心。在和希恩的对话中，说明了两人为何由好友变为仇人，最后希恩在死前说出健四郎的未婚妻－尤莉亚已死的消息，使得这场因爱而生的决斗画下了休止符。
健和巴托停留在一间颇具规模的交换站，巴托偶然看见琳儿被关在由以前特种部队所组成的「神国」的卡车中，在救出琳儿后，健四郎顺道去毁掉「神国」这个组织。善后工作完成后，他们来到了巴托的故乡，帮助巴托的义母朵洋婆婆挖好水井。就在健四郎离开后，飞车党头目傑卡鲁来犯，朵洋婆婆为了保护孩子而死，健四郎大怒，誓杀傑卡鲁报仇！
经过一连串的猎杀，被逼到走投无路的傑卡鲁决定到雷比尼监狱放出号称「不死恶魔」的重刑犯来对付健四郎，虽然对方为恶魔的化身，但是仍不敌战神化身的健四郎，和傑卡鲁一同到阴间报到。
为了使朵洋婆婆所收养的孩子有人收留，健四郎受某村落之託消灭来犯的「牙一族」，为此认识了南斗六圣拳之一「南斗水鸟拳」的雷依，以及酷似尤莉亚的玛雅。由於玛雅的弟弟被牙一族所杀，为了玛雅的泪水，两人联手消灭了牙一族的先锋部队。牙一族的首领为了报复，利用雷依失散的妹妹艾丽作人质，逼使健四郎和雷依相斗，不过两人以诈死来瞒过牙一族的首领，成功地救出了人质。
由艾丽的口中得知，有人以「胸前有七个伤痕的男人」为名，四处残害无辜的民众，破坏北斗神拳的名声，健四郎为了善尽北斗神拳继承人的职责，启程讨伐他那不成材的三哥－傑基。
从傑基的口中得知，当初希恩之所以会自他身边夺走尤莉亚，完全是受到他的煽动，健四郎怒不可遏，让他的肉体自地球上消失掉。傑基在临死之际，告知健四郎他的两个哥哥还活着，健四郎震惊，心想：「我一定要去见他们，特别是道奇，我非见到他不可……」
在一间酒馆中听到有关「道奇突然变成杀人鬼」的传闻，健四郎抱着疑问前往求证，在亲眼目睹道奇的人体实验后，健四郎悲愤地决定打倒道奇，但是面对自己一向敬爱的二哥，健四郎却下不了杀手，反而被点中穴道而动弹不得。危急之际，雷依赶来揭穿道奇的真面目，原来他是南斗圣拳一派的安信，受到世纪末霸主「拳王」的命令，假冒道奇之名研究人体身上的经脉穴道，面对这个破坏二哥及北斗神拳名誉的安信，健四郎不客气地送他到地狱去忏悔，不过对於道奇的下落更是耿耿於怀。
经过玛雅的探访，查出道奇被关在卡山多拉监狱，於是健四郎和雷依、玛雅一同往卡山多拉监狱出发。通过了守卫大门的拉卡、呼卡兄弟，健四郎对上了典狱长维吾尔，一番战斗之后，典狱长被送进了一旁新挖的墓穴。此时拳王亲卫队出现，欲将道奇移至他处，拉卡和呼卡为守住通往道奇牢房的通道，撑着落下的巨石而死，健四郎誓为他们复仇。拳王亲卫队眼看已来不及带走道奇，决定杀掉他，但是他们根本不瞭解北斗神拳的道奇，反而死在道奇的手下。兄弟相会，简短的问候取代了千言万语，却在此时，骑着巨马的拳王身影出现在琳儿他们所在的村子附近……
先赶回的雷依在村外遇见负伤出来求援的巴托，回到了村中，又看见被打伤的琳儿，愤怒之火使得他当场令一些拳王的部下变成碎块，但是面对拳王压倒性的强势，雷依就算是用尽全力也无法伤他，反被点中「心血愁」穴道，使其生命仅剩下三天。健四郎赶到，欲和拳王（也就是他的大哥拉欧）打斗，不过却被道奇阻止；道奇点了健四郎的穴道，要健四郎仔细看着他和拉欧的战斗，以从中领悟「柔拳」的精髓，因为「刚拳」对「刚拳」的战斗往往会导致玉石俱焚。道奇虽舍命一战，但久病的身体却支持不住，眼看道奇就要死在拉欧的手里，玛雅打算箭射拉欧，雷依阻止道：「北斗神拳二指真空把的绝技会使箭射回自己！」玛雅无奈道：「可是只剩我能出手了。」毅然扣下十字弓的板机。拉欧不顾雷依的求情，将箭射回玛雅，此时健四郎终於奋力冲破被道奇所点的穴道，挡住了这一箭，和拉欧展开了一场血淋淋的肉搏战。
激战过后，只方都被对方的拳术给制住了，道奇分开了两人，说道：「你们自己应该很清楚自己已经不能再打斗了。」拉欧的部下早已逃得一个不剩，他孤独地骑着巨马「黑王」离去。
雷依为了玛雅的安全，决定打倒南斗六圣拳中，使用红鹤拳的「妖星」－尤达。为了击败尤达，雷依拜託道奇帮他延长生命，被道奇点中「心灵台」穴道的雷依，因剧烈的痛苦而使得头发全部转白，不过他终於再现华丽的水鸟拳，令妖星消逝。之后雷依与众人道别，将自己关在一间小屋中，静待「义星」殒落。
拉欧因之前的激战而静养，此时以「圣帝」为名，南斗六圣拳中的「帝星」－沙无然逐渐显露其野心，以大量的孩童为奴仆，修建「圣帝十字陵」。健四郎在途中遇见了一个使用南斗白鹭拳的盲眼拳士－「仁星」修武，闲谈之下健四郎才想起修武是为救他一命才自毁只眼，健四郎为报恩，决定助修武一臂之力，没想到初战圣帝便因为圣帝的身体之谜而战败被俘，修武之子希巴为救健四郎而牺牲，健四郎泪誓讨回这笔血债，可惜伤重不支地昏倒在荒野中，此时拉欧突然出现，将健四郎带回道奇所在的村子。
苏醒的健四郎无言安慰修武，但修武叫健四郎不必内疚，并说这也是仁星的宿命，自己以这个孩子为傲……
圣帝的先遣部队终於发现了修武的基地，修武以健四郎重伤未癒，在饮食中下药，要琳儿和巴托带着健四郎由下水道离开，而自身则亲战圣帝，但在圣帝以众多人质的性命要胁下，修武战败。此时昏迷中的健四郎似是听见了修武灵魂的呼喊，起身向修武他们所在之处前进。
面对众多圣帝部下的阻挠，拉欧和道奇突然出现，替健四郎开出一条通路。
在十字陵前，沙无然命修武背负十字陵的最后一块石头，登上十字陵的顶端。健四郎赶到陵顶时，沙无然一枪射死了修武，悲愤交集的健四郎在十字陵再战沙无然，由於解开了圣帝的身体之谜，因此面对凌厉的南斗凤凰拳，健四郎亦使出北斗神拳的绝招应战。击败圣帝之后，十字陵也跟着崩溃，拉欧在临走前言道：「下次见面就是决战之时。」
道奇决定和拉欧生死一战，在只亲的墓前，亲兄弟各展所长，刚拳和柔拳互不相让，由於道奇已病入膏肓，面对拉欧的刚拳渐感力不从心，危急之际，道奇突然使出刚拳，将拉欧打得口吐鲜血，但拉欧知其是自点致命的「刹活孔」穴道才得到如此的力量，因此挥泪打倒道奇，不过兄弟之情使拉欧并没有杀了道奇，拉欧说道：「对拳王造成威胁的道奇已经死了，如今只有和病魔奋战的道奇。」兄弟死斗到此画下了句点。
南斗圣拳中的孤高之星－「天狼星」出现，使用泰山天狼拳的拳士，同时也是尤莉亚大哥的流眼，为了拳王的霸业而四处杀戮，甚至连道奇的村子也难逃毒手。为救道奇而前往流眼城堡的健四郎，因流眼诈称道奇已死在其手而发怒，就在健四郎要给予他致命一击的时候，道奇突然出现，告知健四郎流眼之所以如此做的真正目的，乃是为了使健四郎的拳法能够完全地发挥，而且流眼在疯狂杀戮之前，就已经自我了断了……在勉励健四郎打倒拉欧后，道奇便抱着流眼的身躯离开了人世。
南斗六星已殒落了五颗，仅剩下南斗最后的将星，而护卫将星的「南斗五车星」也在此时纷纷展开了行动。五车星中的「风」－飘逸最先死於拉欧之手，其兄「炎」－赤炼虽自焚欲和拉欧同归於尽，可惜仍失败。「山」－福多前往迎接健四郎，在知悉「炎」的死讯之后，命部下去找「云」－修无常来阻挡拳王的进攻，同时亦告知健四郎南斗最后的将星就是「慈母之星」尤莉亚，当初希恩之所以愿意背负杀害尤莉亚的罪名，完全是为了不使尤莉亚落入拉欧的手里……
「云」－修无常终於出动，使计夺走了拉欧的坐骑－黑王，阻止了拉欧军队的进击，但是在后来的决斗中，修无常虽以绝招重伤拉欧，却仍死於拉欧之手。
拉欧和健四郎同时抵达将星所在的城堡，拉欧直奔塔顶，而健四郎则被带到地下的一间房间等候由塔顶下来的尤莉雅。拉欧在塔顶遇上了五车星中的「海」－黎库，虽然黎库布下许多机关，但是对拉欧完全起不了作用，就在黎库要被拉欧杀死的时候，健四郎赶到，和拉欧展开决战。
拉欧施展自创的惊人绝招，欲取健四郎的性命，紧要之际，健四郎突然使出北斗神拳的最高境界－「无想转生」重挫拉欧，拉欧心知不敌，闭目待死，谁知误触机关，整个人随着楼顶掉落下去，竟掉到尤莉亚所在的房间，拉欧便趁此机会带走尤莉亚，健四郎随即决定追击拉欧。
拉欧为克服内心的恐惧，前往福多所在的村子向其挑战，福多不敌被杀，但拉欧心中对於「悲伤」的恐惧仍未消失。为领会「无想转生」的奥义，拉欧决定杀掉尤莉亚。
拉欧在「北斗练气斗座」约战健四郎，琳儿和巴托被健四郎带去见证这一场决斗，而拉欧亦将尤莉亚带至决斗的地点，在将尤莉亚託给琳儿和巴托代为照顾之后，拉欧和健四郎这一场宿命的对决便开始了。这两个拳法均达最高境界的高手相斗，宛如赤子之争，经过一番激战之后，健四郎的拳头击碎了拉欧的霸业，拉欧说明尤莉亚虽然罹患绝症，但是还可以再活几年，要健四郎好好地陪伴她渡过剩下的日子；他只是点了尤莉亚的穴道，来减轻病情……语毕，拉欧便挥拳自尽，这一场壮烈的决战，也总算打上了休止符。
将拉欧葬在道奇的墓旁之后，健四郎便和尤莉亚骑着黑王离开，而琳儿和巴托虽然不舍，但是也只能流泪目送他们，伴随着荒野的风，渐行渐远……
【STAFF】
原作： 武論尊、原哲夫
企画： 高見義雄、岡正、中屋喜伸
製作担当： 菅原吉郎
脚本： 上原正三、戸田博司、大橋志吉
チーフディレクター： 芦田豊雄
演出： 梅澤淳稔、石田昌久、又野弘道、他
キャラクターデザイン： 須田正巳
美術デザイン： 中村光毅
音楽： 青木望
【cast】
ケンシロウ： 神谷明
バット： 鈴木三枝
リン： 鈴木富子
ユリア： 山本百合子
ラオウ： 内海賢二
ナレーター： 千葉繁
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