幻影神奇宝贝的主谋-宠物小精灵十周年特别篇简介
小智读起了他收到的信件，他与小刚、小遥和小胜被邀请到荣教授（Dr.Yung）的实验室。当他到达哪里时，他惊奇地发现小霞和大木博士。荣教授出现了，并向他们展示了一些“幻影神奇宝贝”，他邀请小霞去挑选一个对战。小霞的海星星对抗一个幻影波士可多拉。她吃惊地看到海星星最强大的攻击都不会起任何作用。海星星迅速下场。小智准备战斗时发现太古盔甲突然被锁定了。荣教授的幻影神奇宝贝系统突然被神秘地锁定了！控制器在他的手上爆炸，一些传说神奇宝贝出现。一个自称幻影大师（Mirage Master）的陌生人，使用刚才劫持的系统，诱骗大木博士和荣教授。由于一群幻影神奇宝贝的出现，小智一行人不能回到里面。
在幻影大师控制下的大木博士，要求知道荣教授在哪里。但幻影大师拒绝了他的请求，并要求得到大木研究所的密码。大木博士拒绝了。一只梦幻飞进来。当大木博士问候它时梦幻受到了攻击。博士要求知道幻影大师为什么要这样做。幻影大师说梦幻只是一个失败的作品，并且叫梦幻离开。
小智、小霞、小刚、小遥、小胜阐述了一个计划。小智和小霞悄悄穿过护城河，小刚呼叫君莎小姐，小遥和小胜等待帮助小智和小霞。他们分开了，小智和小霞使用龙虾小兵和海星星出发了。
幻影系统计划之后，火箭队在四处观望。他们努力去冲开门，但只是碰到他们的鼻子。小智和小霞经过时，火箭队又讲了台词，这浪费了幻影大师足够的时间去检查相机。火箭队逃出了，小智、小霞和皮卡丘被两只幻影怪力和一只幻影圈圈熊困住。当他们三个将被带走时，梦幻出现了，皮卡丘使出了打雷。许多东西被打散了，包括一面墙，这给小遥和小胜发出了信号。小遥出发了，并让小胜等着。皮卡丘释放了，小霞掉到了桥下，皮卡丘又被夺回，剩下小智和梦幻。梦幻被一个力量困住，小智努力释放梦幻。小智发现那只梦幻是只幻影神奇宝贝。
皮卡丘进入了一个可怕的装置，大木博士问幻影大师在做什么。幻影大师说他要从皮卡丘的记忆里获取数据，并说如果大木博士合作的话，这就不用做了。皮卡丘忍受着疼痛。他看这那些照片，洛奇亚、炎帝、雪拉比、拉帝欧斯、拉帝亚斯……这些都是皮卡丘见到过的传说神奇宝贝。大木博士不能忍受皮卡丘承受的痛苦，并输入了密码：REDGREEN。突然，幻影大师得到了下载全世界信息的能力。小建、空木博士、小田卷博士盯着他们实验室的电脑，乔伊小姐在神奇宝贝中心处理各种问题。
“你一定要相信我，警官！”小刚恳求君莎小姐。“我们需要去荣教授的研究所赴宴……我说-”乔伊小姐在君莎的电脑上闪烁。她告诉君莎有人正在下载大量神奇宝贝数据。小刚告诉她有关幻影大师的事情，然后离开了。
小霞挂在了一个桥上，她突然发现失去了力量，小遥及时出现救了她。她们上楼。小智和梦幻已经到了那里，制造神奇宝贝的进程在一个闪光中结束了，一只幻影超梦出现了。它袭击了他们，他们逃跑。在幻影系统以外，那些应用认为他们安全...一群导弹从塔里发出，它们扩大了幻影系统！超梦和幻影大师显现出来，幻影炎帝、急冻鸟和闪电鸟突然出现。大木博士猜到了幻影大师的身份。幻影大师摘掉了面具，荣教授出现了！大木博士说幻影大师初次出现的时候，他是一个影像，并且荣教授因为他的研究对神奇宝贝的不尊重，被神奇宝贝协会开除。荣教授的超梦和小智一行人战斗。在皮卡丘快要失去战斗能力的时候，梦幻出现救了皮卡丘，然后梦幻被吸入了幻影系统。超梦吸收了整个幻影系统的数据库。小智对梦幻被称为失败的作品很生气。攻击又一次开始。
火箭队在战斗中被吹飞，皮卡丘将要被……梦幻制服了超梦！小智叫皮卡丘使出了超雷神闪电，超梦、梦幻和幻影系统都被破坏了。堡垒开始燃烧了，荣教授退到了里面。警察和消防队员都没有找到他。
大木博士说梦幻有真正的心灵，不是数据，小智向天空对梦幻说再见……<<< 摘要模式
小智读起了他收到的信件，他与小刚、小遥和小胜被邀请到荣教授（Dr.Yung）的实验室。当他到达哪里时，他惊奇地发现小霞和大木博士。荣教授出...
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